Unidad de Ciencias
Espacio de trabajo científico reservado para la investigación y reproducción de los ejemplares que integran la colección botánica, así como el registro de la vegetación nativa de la región.
Manejo de Colecciones
Es un área dedicada al cuidado del banco de germoplasma y la propagación de especies enlistadas en la NOM 059 SEMARNAT 2010. El inspirador y en gran medida realizador de integrar la colección botánica fue el conocido cactófilo Charles Glass, curador de la colección de plantas durante los años iniciales del Jardín Botánico.
Herbario
Recinto especial donde se resguardan y clasifican muestras vegetales, a manera de centro de información para el conocimiento y conservación de la diversidad vegetal. El herbario del Jardín Botánico fue acreditado oficialmente como colección científica en 2019. Lleva el nombre del destacado botánico Walter L. Meagher, como reconocimiento a su aportación al estudio de la flora de El Charco del Ingenio.