
Biodiversidad
No obstante su vecindad con la zona urbana de San Miguel de Allende, el Charco del Ingenio presenta hoy en día una vida silvestre abundante y variada, potenciada tras años de protección continua y por trabajos de conservación de suelos. La extensión del terreno, así como la variedad de topografía y las condiciones de humedad, ofrecen un ecosistema diverso en saludable proceso de restauración.

Diversos estudios e inventarios de la flora y la fauna del sitio han sido realizados, algunos ya publicados. Entre ellos destaca el magnífico libro de Walter L. Meagher y Wayne Colony Wild and Wonderful: Nature Up Close in the Botanical Garden El Charco del Ingenio, publicado en 2008. Meagher elaboró asimismo un listado exhaustivo de flora de El Charco, el cual comprende un total de 535 especies, pertenecientes a 85 familias botánicas. En asociación con este estudio florístico, 51 especies de líquenes fueron asimismo identificadas dentro de la reserva (T. Nash et al.).

Gracias al trabajo completado recientemente, El Charco cuenta hoy en día con listados de biodiversidad de cinco grupos faunísticos: 156 especies de aves residentes y migratorias (S. & W. Colony), 32 especies de mamíferos (R. Aviña), 18 especies de reptiles y anfibios (R. Hernández), 110 especies de mariposas (S. & W. Colony) y 11 especies de libélulas (S. & W. Colony). Estos listados de biodiversidad registrada dan a El Charco una base de datos para identificar especies catalogadas como endémicas, en peligro de extinción o bajo protección especial bajo la normatividad federal de México.

El área de conservación comprende tres zonas claramente diferenciadas, las cuales corresponden a tres habitats de la vida silvestre: la cañada, el matorral y el humedal
Estas tres zonas que componen el área de conservación pueden ser visitadas permanentemente, a través de la red de senderos y caminos que se extiende por toda la superficie del Charco del Ingenio y del Parque Landeta.